LAMMPS(2022.09)

FOCUSスパコンでの LAMMPS ベンチマークを財団にて実施しました。(2022/09) 

【測定条件】

  • LAMMPS 8Apr2021
  • 利用バイナリ 　
    FOCUSスパコン共用領域:  /home1/share/LAMMPS/lammps-8Apr2021/src/lmp_intel_cpu_intelmpi_{avx2,amd}
  • フラットMPI

【測定系】

  • 640k water(1,920,000atoms) 　
    1000step, wirte/1step 　
    NVTモデル

【測定環境】

  • 実施システム(バイナリ) 　
    F(avx2), Z(avx2), R(amd), Q(amd)

【結果データ】 

【考察】

  • 1ノード内ではRシステムが最も性能が高く、性能順にR＞Z＞F となっている。
  • 1ノードを超えるとGigabitEthernet接続のRシステムは 　Infiniband接続のF,Zシステムより性能が劣る。
    この領域では性能順にZ＞F＞R となっている。
  • なお、ノード内コア数最大(64)のQシステムが1ノードフルコア利用を比較した場合、最速である。
    　（ただし、料金で差がでる（1ノード・1時間あたりの料金：F,R,Z=375円、Q=600円））

【Q,RシステムでのLAMMPSバイナリについて】

  • 通常AVX2指定にてコンパイルされたバイナリであれば、Q,Rシステム(AMD)で動作することが多いですが、
    /home1/share/LAMMPS/lammps-8Apr2021/src/lmp_intel_cpu_intelmpi_avx2 は動作しませんでした。
    AMD版のバイナリ(Rシステムにてコンパイル)を共用領域に導入しましたので、ご利用ください。
    実行サンプルスクリプト：/home1/share/LAMMPS/lammps-8Apr2021/FOCUS_sample/intel_amd.sh
    バイナリ ：/home1/share/LAMMPS/lammps-8Apr2021/src/lmp_intel_cpu_intelmpi_amd