FOCUSスパコンでの LAMMPS ベンチマークを財団にて実施しました。(2022/09)
目次
【測定条件】
- LAMMPS 8Apr2021
- 利用バイナリ
FOCUSスパコン共用領域:/home1/share/LAMMPS/lammps-8Apr2021/src/lmp_intel_cpu_intelmpi_{avx2,amd}
- フラットMPI
【測定系】
- 640k water(1,920,000atoms)
1000step, wirte/1step
NVTモデル
【測定環境】
- 実施システム(バイナリ)
F(avx2), Z(avx2), R(amd), Q(amd)
【結果データ】
【考察】
- 1ノード内ではRシステムが最も性能が高く、性能順にR>Z>F となっている。
- 1ノードを超えるとGigabitEthernet接続のRシステムは Infiniband接続のF,Zシステムより性能が劣る。
この領域では性能順にZ>F>R となっている。 - なお、ノード内コア数最大(64)のQシステムが1ノードフルコア利用を比較した場合、最速である。
(ただし、料金で差がでる(1ノード・1時間あたりの料金:F,R,Z=375円、Q=600円))
【Q,RシステムでのLAMMPSバイナリについて】
- 通常AVX2指定にてコンパイルされたバイナリであれば、Q,Rシステム(AMD)で動作することが多いですが、
/home1/share/LAMMPS/lammps-8Apr2021/src/lmp_intel_cpu_intelmpi_avx2
は動作しませんでした。
AMD版のバイナリ(Rシステムにてコンパイル)を共用領域に導入しましたので、ご利用ください。
実行サンプルスクリプト:/home1/share/LAMMPS/lammps-8Apr2021/FOCUS_sample/intel_amd.sh
バイナリ :/home1/share/LAMMPS/lammps-8Apr2021/src/lmp_intel_cpu_intelmpi_amd