ABINIT-MP

FOCUSスパコンでのABINIT-MPのベンチマーク結果が以下イベントで報告されました。

2018年2月 FMO計算法:入門から創薬への応用まで

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FMO計算法:入門から創薬への応用まで
ハンズオン講習会
–『FOCUSスパコンでのFMO計算の実際』と『”たんぱく質-小分子リガンド”複合体のFMO計算のコツ』–
開催日:2018年2月1日(木)、2月2日(金)
主 催:神戸大学計算科学教育センター
会 場:公益財団法人計算科学振興財団(FOCUS) 実習室
http://www.eccse.kobe-u.ac.jp/simulation_school/fmo201802/
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2月2日(金)
「FMO計算のベンチマーク結果と効率的な流し方」
鈴木洋介氏、渡邊博文氏(神戸大学計算科学教育センター)
(発表資料)ABINIT-MPによる FMO 計算の 「ベンチマーク」と 「FOCUS スパコンにおけるシステム・並列コア数の選択」

 

【運用グループコメント】
ER, HIVp をモデル分子とし、ベンチマークを実施いただきました。
FOCUSスパコンにてABINIT-MP を利用する際の効率的メモリ指定法等の設定内容が報告されています。
FOCUSスパコン H システムが他システムと比較し、費用面で優位であることが示されています。
さらに、平成30年料金体系では昨年度よりも安価に計算できることも示されています。
本情報を参考に効率的にABINIT-MPをFOCUSスパコン上でご利用ください。