NAMD – FOCUSスパコン利用案内

FOCUSスパコンでのNAMDベンチマーク (作成日 2014/07/10)

ベンチマーク測定条件

•評価対象NAMD version 2.9

インテルコンパイラとMPIを利用

インストールパス

/home1/share/namd/2.9/intel/impi/NAMD_2.9_Linux-x86_64-MPI

サンプルスクリプト

/home1/share/namd/2.9/PARALLEL_intel_impi_fjsub_sample.sh

•測定環境

通常運用中のFOCUSスパコンA,Dシステム

他のジョブが存在するため共用資源（Ethernet、InfiniBand、共用ストレージ等）の干渉有り。

複数回の測定を行い影響を小さくした。

初回の起動時と2回目以降で実行モジュール等のディスクキャッシュインの差があるため初回起動時の測定値は除外

•ベンチマーク測定系

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/で公開されている以下を使用

ApoA1 benchmark (92,224 atoms, periodic, PME)

STMV (virus) benchmark (1,066,628 atoms, periodic, PME)

実行経過時間からFOCUSの共用ディレクトリのNAMDについてはDシステムはAシステムの最大1.8倍高速、並列数が増えるにつれて差が縮小

APOA1はSTMVより系が小さいため並列速度向上率が16並列を超えた当たりから劣化STMVでは64並列を超えた当たりから劣化

平成２６年度のFOCUSスパコンの課金単価により算出

コストだけならばAPOA1, STMVの両方でAシステムの方が計算コストが低い

コストパフォーマンスという点では12並列〜64並列の範囲が良好

計算が早く終わることを評価：cost(A)/cost(D) *et(A)/et(D)

赤枠の中がＤシステムが良好なコストパフォーマンスを示す。