【終了】2021年度　兵庫県立大学主催　LAMMPS利用セミナー（基礎コース3月22日・応用コース3月23日）オンライン参加も可

2022年3月1日 | Last modified: 2022年4月4日

LAMMPS利用セミナー（オンライン可※要件後述）

※このセミナーは終了しました。

【受講後のお知らせ】

受講者の皆さまへ、受講後の追加資料等とアンケートをメールでお送りしました。届いていない方は 講習会窓口 lecture［at］j-focus.or.jp（［at］を@に変更してください）まで、メールにてお問い合わせください。

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このセミナーはコロナ感染症状況により、オンライン開催のみとなる場合がございますので、ご了承ください。

基礎コース：LAMMPSの基礎的利用セミナー　3月22日（火）

応用コース：LAMMPSでの仮想実験セミナー　3月23日（水）

概要

LAMMPS（http://lammps.sandia.gov）は、米国を中心に、高分子物理やソフトマテリアル物理の分子動力学の標準的なソルバーとして位置づけられています。京コンピュータの企業利用向けアプリケーションの中では最多の使用実績があり、FOCUSスパコンでもよく使われています。そこで2017年より、兵庫県立大学主催にて、基礎的利用セミナーと仮想実験セミナーの2本立て（2日間）による入門コースを開設し、多数の方にご参加いただいています。今年は新型コロナウイルス感染症の拡がりもあって、分子シミュレーションの重要性が高まっていることから、オンライン参加も併用した、デュアル型の開催を行います。

LAMMPSをまだ利用したことがない方は、基礎的利用セミナーからの受講を推奨いたします。またオンライン受講は、ご自身のPC上に必要なソフトウェアの導入、FOCUSスパコンへの接続環境をご用意いただけることが前提となります（詳細、後述）。

開催情報

【主催】　  兵庫県立大学産学連携・研究推進機構計算科学連携センター

【共催】　  計算科学振興財団（FOCUS）

高度情報科学技術研究機構（RIST）

兵庫県立大学大学院情報科学研究科

【場所】　  会場受講　　⇒　高度計算科学研究支援センター（計算科学センタービル）2F　実習室　アクセス

オンライン　⇒　各個人のPC　※要件があります

【日時】　  基礎的利用セミナー　3月22日（火）　講習時間　13時～17時30分　(受付　12：45～）

仮想実験セミナー　   3月23日（水）　講習時間　 13時～17時40分　(受付　12：45～）

【〆切】　  3月14日（月）10:00まで

【対象】　   LAMMPSをまだ利用したことがない方、これから活用していきたい方

【定員】　   １．会場実習（神戸FOCUS実習室で実施：10名）※コロナ感染症の状況により、オンライン開催となる場合がありますので、ご了承ください。

２．オンライン（実習参加あり）（FOCUSスパコンにVPN接続可能であること：10名）

３．オンライン（聴講のみ）（聴講部分への参加のみ。実習は参加せず：20名程度）

オンライン参加（２、３）には、Zoomクラウド会議システムを使用します。

【受講料】    無料

【実習端末】　      会場実習⇒実習室に備付のPCを利用します。PCの持参は不要です。

オンライン⇒各個人のPCを利用します。必要な設定をしてください。

【その他】　オンライン講習の受講者は、受付時にZoomログインの際に「本人確認」が必要となりますので、必ずビデオカメラ機能をONにし、出席確認にご協力ください。実習参加の方は習熟状況の把握のため、できるだけカメラをONでご参加ください。

プログラム

（内容や講師、時間等は変更する場合がございます。）

LAMMPSの基礎的利用セミナー（3月22日）

時間 内容 担当講師
12:45～13:00

会場実習　会場受付開始

オンライン実習　Zoom接続開始

・表示名の確認

・ブレイクアウトルーム等の確認

  
13:00～13:05

挨拶

 兵庫県立大学　鷲津講師
13:05～13:30

FOCUSスパコン利用準備

・FOCUSスパコンの概要

・FOCUSスパコンへの接続からLAMMPSの実行、VMDでの可視化まで

 FOCUS　坂倉講師
13:30～14:10

LAMMPSの入出力の初歩的理解

・LAMMPSの概要

・分子動力学計算の概要

・Kremer-Grest 模型による高分子鎖計算

 RIST　富山講師
14:10～14:30

休憩

  
14:30～15:30

LAMMPSのexample例の実施

・melt, micelle, colloid

・VMDで可視化する。

・3次元化を試みる練習課題

 RIST　吉澤講師
15:30～15:50

休憩

  
15:50～17:10

LAMMPSの大規模計算体験

・replicateでの大規模化

・スケーラビリティチェック

 RIST　富山講師
17:10～17:30 解散・質疑応答  

 

応用コース　LAMMPSでの仮想実験セミナー　（3月23日）

時間 内容 担当講師
12:45～13:00

会場実習　会場受付開始

オンライン実習　Zoom接続開始

・表示名の確認

・ブレイクアウトルーム等の確認

  
13:00～14:00

潤滑膜の分子動力学計算の体験

・潤滑油膜の分子動力学と機構解析

・in.wall.2dを使ったLJ流体の解析体験

 兵庫県立大学　鷲津講師
14:00～14:40

LAMMPSでのReaxFF 計算の紹介

・GPUなどのアクセラレータを活用した高速化の例として

 防衛大学　萩田講師
14:40～14:55

休憩

  
14:55～16:00

架橋ゴムの応力ひずみ関係の評価

・架橋反応の実施（bond/create）

・応力の評価

 RIST　吉澤講師
16:00～16:15

休憩

  
16:15～17:20

応力の時間相関関数を用いた緩和弾性率の計算

・応力の時間相関関数の計算

・Multiple-tau法を使った計算

 東北大学　村島講師
17:20～17:40 解散・質疑応答  

 

オンライン実習　事前準備について

FOCUSスパコンにVPNでオンライン接続していただきます。「オンライン実習事前準備」を確認し、以下の項目がご自身で対応可能である方が参加可能です。事前準備に必要な講習会用アカウントは、受講申込の受理後、概ね、講習会の1週間前にメールで通知します。

  • ファイル転送ツール（scp等）の利用
  • ターミナルからのジョブの投入
  • 手元のPCに解析ツール（VMD, gnuplot, LibreOfficeまたはExcel）を準備できる方

ご注意：

遠隔からの計算機システム利用に習熟していることが望ましいです。リモートアクセス等に関する技術サポートには対応できかねる旨、ご了承ください。

実施日の一週間前に講習会用アカウントを発行しますので、ご自身で接続テストをしてください。接続不可の場合、オンライン聴講への変更は可能です。その場合には、講習会窓口にメールで「聴講へ変更希望」の旨、必ずご連絡ください（発行済アカウントの管理のため）。

LAMMPS利用セミナー　オンライン実習事前準備

 

Zoomについて（オンライン聴講＆オンライン実習）

受講申込の受理後、講習会当日のZoomアクセス先などの情報を、概ね、3日前にお知らせします。当日は講師やスタッフの指示に従ってください。

（Zoomアプリのインストールを推奨）。詳細は以下をご覧ください。

Zoomダウンロードセンター

講習会用アカウントの通知について

（オンライン）実習をお申込みの方へのみ、講習会の概ね1週間ほど前までにメールでお知らせいたします。

（会場実習）　会場で直接お渡しします。

FOCUSスパコン講習会用アカウントの利用について

資料について

会場実習、オンライン実習の方へ、セミナー当日までにお渡しいたします。※資料の提供はセミナー参加が必須条件となります。資料のみの提供を要望されてもお受けできませんのであらかじめご了承ください。

申込方法

受講ご希望の方は、件名を「受講希望　LAMMPS利用セミナー（会場受講 or オンライン実習 or オンライン聴講）」として以下の枠内のテキストを引用して必要箇所をご記入の上、

講習会窓口 lecture［at］j-focus.or.jp（［at］を@に変更してください）まで送付をお願い致します。

以下のとおり受講申し込みします。

《受講申込セミナー》
受講希望日：
　基礎的利用セミナー（3/22）
　仮想実験セミナー　（3/23）
   （両セミナーの受講を推奨します。仮想実験セミナーのみの参加を希望された場合、FOCUSログイン等の基礎的利用セミナー範囲のサポートはありません）

《いずれかを選択》
１、会場実習（神戸・FOCUSにて受講）
２、オンライン（実習参加）
３、オンライン（聴講のみ） 

《受講申込者》
フリガナ：
氏名：
所属機関：
所属部門：
電話番号：
所属機関発行のメールアドレス：（フリーメールアドレス不可※）
※身分証明を兼ねる為です。

《実習でのFOCUSスパコン利用について》
講習会では各受講者がFOCUSスパコンにログインして実習を行います。※聴講者も規定に準じます。
FOCUSスパコン講習会用アカウント取得にあたり、以下の質問に　yes/no　でご回答ください。

１）FOCUSスパコン利用者です。　yes / no
　「yes」の場合は（課題名：英字３文字）をお答えください。（　　　　　　）

　「no」の場合は以下　２）と　３）の質問にお答えください。

２）講習会用アカウントを利用するにあたり、
　「講習会用アカウント利用規程※」を遵守いたします。　　yes / no

３）以下のいずれかにあてはまります。　yes / no
日本人でありかつ日本国に居住するもの
日本人でありかつ日本の在外公館に勤務するもの
外国人でありかつ日本国内にある事務所に勤務するもの
外国人でありかつ日本国に入国後６か月以上を経過しているもの

※居住者であることの確認です。（「講習会用アカウント利用規程」第３条関係）

・３）で「no」の場合

講習会窓口 lecture［at］j-focus.or.jp（［at］を@に変更してください）までお問い合わせください。

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【お問合せ先】

講習会窓口 lecture［at］j-focus.or.jp（［at］を@に変更してください）まで、メールにてお問い合わせください。

※参照：「講習会用アカウント利用規程」