【開催報告】FOCUSスパコンでGaussian09を利用するためのTencube/WM(Winmostar) 講習会(5/22)

2012年5月23日 | Last modified: 2019年6月13日

 Tencube/WM(Winmostar)開発者である株式会社テンキューブ研究所社長千田範夫氏による「FOCUSスパコンでGaussian09を利用するためのTencube/WM(Winmostar)講習会」が、平成24年5月22日(火)13時15分から15時15分まで計算科学センタービル2階実習室で行なわれました。

 講習会端末機(Windows)を参加者一人につき一台使用し、実際に Tencube/WM を操作しながら講習会は進められました。Tencube/WM の概要について説明の後、分子作成の実習を行いました。その際、意外と知られていない機能として「部分回転」や「部分移動」、「環構築」などの操作法を実習しました。

 続いて実習したのは、Tencube/WM を使ったFOCUSスパコンへのジョブの投入機能です。FOCUSスパコン上の分子科学計算ソルバー(Gaussian 09, GAMESS, MOPAC)を使って分子解析を行うためには、一般的には以下のようなステップで行われます。

1) 手元のパソコンでインプットファイルの作成

2) FOCUSスパコンへのデータ転送(パソコン→FOCUSスパコン)

3) FOCUSスパコンにログインを行ってのジョブ投入

4) 結果ファイルの受信(FOCUSスパコン→パソコン)

5) パソコン上での結果解析と可視化

Tencube/WM では、ジョブの投入機能を備えていることから、1),5)といったモデリング、解析だけでなく、2)~4)のステップもTencube/WM というひとつのプラットフォーム上で行うことができます。

 実習では前段階で参加者各自が作成した分子を使い、Tencube/WM で1)~5)のステップを経た分子解析を行いました。

 インプットファイルの作成では GaussianのセットアップするためのGUIを開くと、基底関数、計算方法など主な計算オプションはプルダウンしたリストから選ぶことができます。

 続いてFOCUSスパコンへジョブを投入するのですが、これはGUI上にある”sendbsub”ボタンをクリックするだけで、ユーザーは明示的なファイル転送、ログイン、ジョブ投入と言う一連の作業をボタン一つでこなすことができます。

GUIでは、サブミットしたジョブの状態を見るための”bjobs”、強制終了させるための”bkill”などジョブ管理に必要なコマンドや一般的なunixコマンドの”ls”, “cat”などがボタンで用意されており、サブミットしたジョブを簡易に操作することができました。

 ジョブの終了を確認し、結果ファイルの転送もimportボタンを押すだけで実行されました。

 結果ファイルを手元のWindowsマシンに転送するまでの手順を学んだ後、結果の解析に移りました。

 分子軌道の表示、振動スペクトル、及び振動モードのアニメーション表示を実習しました。特に振動モードの表示ではスペクトルのピークをクリックするだけでアニメーションが現れるという簡易さでした。

 以上のように、Tencube/WMを使うことにより、Windows パソコン上で分子の作成、計算条件の設定、FOCUSスパ コンへのファイル転送、ジョブ実行、ジョブ実行状況確認、ジョブ終了後 の データ再転送、結果の表示までがシームレスに行うことができました。これにより、参加者はFOCUSスパ コンのOSであるLinuxの操作を覚える事無く Gaussian 09ジョブが実行できることを体験しました。

 最後は質疑応答があり、講習会を無事終えることができました。

 今回、ご参加頂きました皆様に感謝いたします。
次回6月26日(火)(13:15-15:15 計算科学センタービル2階実習室)に開催を予定しております。詳細が決定しましたらHPにて告知していきますのでよろしくお願い致します。

プログラム:
1. Winmostarによる分子モデリング
1-1 基本操作
1-2 上級機能
2. Gaussian計算と可視化
2-1 FOCUS等のLinux機へのGaussianジョブ投入方法
2-2 構造最適化
2-3 分子軌道表示
2-4 振動解析
2-5 NMR
2-6 UV-VISスペクトル
3. 質疑応答

 

 

 



Linux機へのGaussianジョブ投入方法


プログラミングの観点からプロセス並列とスレッド並列を比較

振動解析の可視化

アニメーション(振動)の表示

参考リンク
FOCUSスパコンでGaussian09を利用するための Tencube/WM(Winmostar)講習会 (Youtube)
Winmostarによる計算化学実験