1.FOCUSスパコンの概要

 FOCUSスパコンは平成23年4月より共用を開始し、「産業界向けのスパコン」として活用されています。
 本章では、ハードウェア構成等FOCUSスパコンの概要をまとめております。

 

1-1 システム概要図

 

1-2 演算ノード

 ノード数CPU、GPU、VPU理論演算性能(GFlops)コア数メモリ(GB)ローカルディスク容量 (GB)ノード間ネットワーク
Aシステム2082.26GHz (Xeon L5640)1081248500IB-QDR 40Gbps
Bシステム21.86GHz (Xeon E7520)119165121200IB-QDR 40Gbps
Dシステム802.50GHz (Xeon E5-2670v2)40020646000IB-FDR 56Gbps
Eシステム482.50GHz (Xeon E5-2670v2)400201282000IB-FDR 56Gbps
Xeon Phi 5110P-1.053GHz4044 ※1240 ※2
Fシステム622.20GHz (Xeon E5-2698v4)1152401282000 (HDD)
64 (SSD)
IB-FDR 56Gbps
(うち2)Tesla P100 GPU4.7TF ※3( -- )
Gシステム42.5GHz (Xeon E5-2640)2401264100010GbE
Xeon Phi 5110P-1.053GHz1011 ※160 ※2
Hシステム1362.10GHz (Xeon D-1541)205864512 (SSD)10GbE×2 (シャーシ間10GbE×4)
Vシステム22.40GHz (Xeon Gold 6148)10242096240 (SSD)IB-FDR 56Gbps
SX-Aurora TSUBASA Type 10B2150848
HPCIプリポスト
システム
12.6GHz (Xeon Silver 4112)
Quadro P4000 2基
28281,536600-

1-3 システム概要

OS演算ノード (A,B,C,D,E,G)CentOS 6.6 (Linux Kernel 2.6.32-504.8.1.el6)
演算ノード (F,H)CentOS 6.8 (Linux Kernel 2.6.32-642.4.2.el6)
共用フロントエンドサーバRed Hat Enterprise Linux 6.6
開発環境GCC, Intel Parallel Studio XE
(FORTRAN, C, C++等)
ジョブ管理システムSLURM ベースのシステム
(「京」とコマンドラインオプション互換)

1-4 共用キュー一覧

計算資源の従量利用は共有キューへジョブを投入してください。

キュー名実行システム最長実行時間最大同時ジョブ投入数最大ノード数 (※1)ジョブあたり最大ノード数 (※1)備考
a024hA24時間2000/利用者208208
a168hA168時間2000/利用者3232
b024hB24時間2000/利用者22
b168hB168時間2000/利用者11
d024hD24時間2000/利用者8080下記(4)参照
d168hD168時間2000/利用者4040下記(4)参照
e168hE168時間2000/利用者2424※3, Phi1基, 下記(5)参照
f024hF24時間2000/利用者6060
f072hF72時間2000/利用者3232
f072h_p100F72時間2000/利用者22GPU搭載
h024hH24時間2000/利用者136136
h072hH72時間2000/利用者102102
v024hV24時間2000/利用者22
v072hV72時間2000/利用者22
p072hHPCIプリポスト72時間3/利用者11無償
a006mA6分5/利用者22※2
b006mB6分5/利用者22※2
d006mD6分5/利用者22※2, 下記(4)参照
e006mE6分5/利用者22※2, ※3, Phi1基, 下記(5)参照
f006mF6分5/利用者22※2, GPU搭載
g006mG6分5/利用者44※2, 下記(3)参照
h006mH6分5/利用者44※2
v006mV6分5/利用者22※2
  1. 予約状況や混雑状況等により、変更する場合があります。
  2. デバッグキューです。計算資源利用料金は発生しません。デバッグ(ソフトウェアの動作検証等)にご利用ください。なお、FOCUS スパコン従量利用ソフトウェア(Gaussian09 等)を実行した場合、計算資源利用料金は発生しませんが、ソフトウェア利用料金は発生します。
  3. 全ノード停止中のため利用を希望される場合はOKBiz(https://secure.okbiz.okwave.jp/focus/)にて技術質問からご相談ください。
  1. 実際に本システムを利用する際には、sinfo -s コマンドで利用できるキュー名を確認して下さい。
  2. キューのノード実行状況を確認する際には、squeuesコマンドで確認して下さい。
  3. デフォルトキューは「g006m」となります。ジョブ実行時にキュー名が省略された場合「g006m」で実行されます。
  4. 【H28.04.12現在】下記のソフトウェアにてDシステム上でジョブを実行した際にジョブが正常に実行されない場合があるとの報告があります。各ソフトウェアをご利用の際は下記のとおりご対応ください。
    • ANSYS CFX : 回避策をベンダーにお問い合わせください。
  5. 【H30.2.28 現在】下記のソフトウェアにてEシステム上でジョブを実行した際にジョブが正常に実行されない場合があるとの報告があります。以下のソフトウェアをご利用の際は下記のとおりご対応ください。
    • ANSYS FLUENT : 回避策をベンダーにお問い合わせください。
    • ANSYS CFX : Eシステムの利用を回避してください。
    • STAR-CCM+ : -mpi intel オプションを指定してください。
    その他ソフトウェアのEシステムでの稼働状況につきましては提供ベンダーにお問い合わせください。

 

1-5 ストレージシステム

ストレージシステムNASストレージシステム分散ファイルシステム演算ノードローカルディスク※3
マウント先/home1/home3/work
容量各課題 200GB要・申請 (※1)
(有償)
500GB~6TB
(演算システム毎に異なる)
用途ホームホーム兼ワークスクラッチ
書き込み性能システム全体500MB/s11GB/s80~440MB/s
(実測値・演算システム毎に異なる)
プロセスあたり(制限なし)1GB/s(制限なし)
アクセスログインサーバ要・申請 (※1)×
共用FE (※2)×
専用FE (※2)×
演算ノード
  1. OKBizより申請してください
  2. FE:フロントエンドサーバ
  3. Hシステムの/work はSSD, そのほかのシステムはHDD

1-6 ソフトウェア

  •  FOCUSスパコンのOS、開発環境、ジョブ管理システム等はアカウント発行料に含む。
  •  商用ソフトウェアは原則利用者がベンダーから直接ライセンスを取得しFOCUSスパコンにインストールして利用。
    (FOCUSスパコン上での利用形態、料金、実行方法等はベンダーに直接お問い合わせください。)
  •  Gaussian 09MIZUHO BioStationはFOCUSがライセンスを取得しており、時間従量制 にて利用可。
    (要・利用申請(OKBizより連絡ください))
  •  オープンソース等で要望が多いものは共用領域にインストール。