LAMMPS(2024.08)

FOCUSスパコンでの LAMMPS ベンチマークを財団にて実施しました。(2024/08) 

【測定条件】

  • LAMMPS 2Aug2023
  • 利用バイナリ 　
    FOCUSスパコン共用領域:  /home1/share/x86_64/el8/LAMMPS/lammps-2Aug2023/src/lmp_oneapi
  • フラットMPI

【測定系】

  • 640k water(1,920,000atoms) 　
    1000step, wirte/1step 　
    NVTモデル

【測定環境】

  • 実施システム　
    A,B,F,H,Q,R,S(032c,092c,192c),V,W,Z

【結果データ】 

【考察】

  • 1ノード比較の場合、192並列となるS192cが最速。
    単価が高いので避けられがちだが、費用を比較した場合、高速に終了する分、安価に抑えられている。
  • FOCUSスパコンでよく利用される1ノード32〜40コアのシステム F,R,S032,Zの比較では、1ノード内ではRシステムが最も性能が高く、性能順にR＞S032＞Z＞F となっている。
  • 1ノードを超えるとGigabitEthernet接続のRシステムは Infiniband接続のF,Zシステムより性能が劣る。
    この領域では性能順にS032＞Z＞F＞R となっている。
  • Hシステムでは8ノード,Rシステムでは4ノードあたりまでは並列効率がでているが、それ以上になると不安定。ノード間が10Gbps接続の影響と考える。
  • (参考)FOCUSスパコンの料金体系には並列数に応じて単価を設定する「並列割引」を採用している。
    F,H,S032c, S092c システムについてはその影響が大きい。