1.2.MIZUHO/BioStationの実行

目次 (1.2.MIZUHO/BioStationの実行)

1.2.   MIZUHO/BioStationの実行
1.2.1.  環境の設定
1.2.2.  ジョブ投入スクリプトの作成
1.2.3.  ジョブ投入スクリプトの実行

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1.2. MIZUHO/BioStation の実行

以下ではフロントエンドサーバにログインし、SLURMを利用したジョブ投入スクリプトとしてMIZUHO/ABINIT-MP3.0の計算を実行する方法を説明します。

1.2.1. 環境の設定

moduleコマンドによりMIZUHO/BioStationの環境を設定します。

$ module load MIZUHO_ABINIT-MP3.0_FOCUS

 

 

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1.2.2. ジョブ投入スクリプトの作成

サンプルスクリプトを参考にして、ジョブ投入スクリプトを作成します。
また、/home1/share/MIZUHO_ABINIT-MP3.0_FOCUS/sample にジョブ投入スクリプト例を置いておりますので参考にしてください。

・サンプルスクリプト:run.sh

#!/bin/bash
#SBATCH -p d009m                                      # キュー名
#SBATCH -n 20                                         # 最大プロセス数
#SBATCH -J mizuho_abinit-mp                           # ジョブ名
#SBATCH -e mizuho_abinit-mp.e%J                       # 標準エラー出力、%JはジョブIDに置換
#SBATCH -o mizuho_abinit-mp.o%J                       # 標準出力、%JはジョブIDに置換
 
module load MIZUHO_ABINIT-MP3.0_FOCUS                 # MIZUHO_ABINIT-MP利用環境変数設定
 
BASENAME=gly5-HF                                      # 入力ファイル名
mkinp.tcl < $BASENAME.ajf > $BASENAME.ajf.tmp
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} abinitmp $BASENAME.ajf.tmp >& $BASENAME.log

 

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1.2.3. ジョブ投入スクリプトの実行

sbatch コマンドを使ってジョブ投入スクリプト(例:run.sh)を実行します。

$ sbatch run.sh

 

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