FOCUSスパコン利用の手引き(目次)

1. FOCUSスパコンシステムの概要

1.    FOCUSスパコンシステムの概要
1.1.   システム構成
1.1.1.  システム概要図
1.1.2.  システム構成要素の特徴
1.2.   ハードウェア構成
1.2.1.  サーバ
1.3.   ソフトウェア構成
1.3.1.  オペレーティングシステム(OS)
1.3.2.  ソフトウェア
1.3.3.  アプリケーション
1.3.3.1. ライセンスが必要なアプリケーション(商用・有償)
1.3.3.2. フリーソフトウェア
1.3.3.3. アプリケーションに関するサポート
1.4.   製品マニュアル
1.5.   ディレクトリ構成
1.5.1.  共用フロントエンドサーバ
1.5.2.  演算ノード

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2. システムの利用方法

2.    システムの利用方法
2.1.   システムへのログイン
2.1.1.  インターネットからのSSH接続によるログイン
2.1.1.1. 事前準備(秘密鍵・公開鍵の作成と登録)
2.1.1.2. ログインサーバへのSSH接続
2.1.1.3. 共用フロントエンドサーバへの接続
2.1.1.4. SCPファイル転送
①事前準備(秘密鍵の変換)
②SCPによるファイル転送(WinSCP使用)
2.1.1.5. X Window Systemを利用するアプリケーションの使用方法(Windows環境)
2.1.1.6. インターネットからのSSH多段接続によるログイン方法
・proxy設定によるSSH多段接続の設定方法
・Tera Termマクロ を使ったSSH多段接続の設定方法
・SCPによるファイル転送(インターネットからのSSH多段接続)
2.1.2.  インターネットからのSSL-VPN接続による利用方法
2.1.2.1. SSL-VPN接続によるログイン
2.1.2.2. SSL-VPN接続によるSCPファイル転送(WinSCP使用)
2.1.2.3. X Window Systemを利用するアプリケーションの使用
2.1.3.  高度計算科学研究支援センター内でのログイン方法
2.2.   パスワードの変更
2.2.1.  パスワードの変更(センター外)
2.2.2.  パスワードの変更(センター内)
2.3.   ログインシェル
2.4.   追加ストレージ領域(/home2, Luster File System)の利用方法
2.4.1.  Lustre File System 環境構成概要
2.4.2.  /home2利用状況の確認
2.4.3.  Stripe Size / Stripe Count
2.4.3.1. Stripe設定方法 (lfs setstripe)
2.4.3.2. Stripe確認方法 (lfs getstripe/lfs osts)
2.5.   クラウドストレージの利用方法
2.5.1.  クラウドストレージ(/cloud1)の追加
2.5.2.  /cloud1利用状況の確認
2.5.3.  クラウドストレージ(/cloud1)の容量減・削除
2.6.   改行コード
2.6.1.  改行コード
2.6.2.  エディタ
2.6.3.  改行コードの変換
2.7.   moduleコマンド

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3. コンパイラ、MPIの使用方法

3.    コンパイラ、MPIの使用方法
3.1.   Intel コンパイラ
3.1.1.  コンパイラ環境の設定(Intelコンパイラ)
3.1.2.  コンパイルコマンド(Intelコンパイラ)
3.1.3.  MPI環境の設定(Intelコンパイラ)
3.1.3.1. Open MPI 1.6.5
3.1.3.2. MPICH2 1.4.1p1
3.1.3.3. Intel MPI
3.1.4.  コンパイラ、MPI環境の切替え
3.1.5.  コンパイル・オプション(Intelコンパイラ)
3.1.6.  コンパイル方法(Intelコンパイラ)
3.1.6.1. 逐次プログラム
3.1.6.2. 自動並列プログラム
3.1.6.3. OpenMPプログラム
3.1.6.4. MPIプログラム(IntelMPI)
3.1.6.5. MPIプログラム(OpenMPI、MPICH2)
3.1.6.6. MKL(Math Kernel Library)
3.1.7.  コンパイル時の注意点
3.2.   GNUコンパイラ
3.2.1.  コンパイラ環境変数の設定(GNUコンパイラ)
3.2.2.  コンパイルコマンド(GNUコンパイラ)
3.2.3.  MPI環境変数の設定(GNUコンパイラ)
3.2.3.1. Open MPI 1.6.5
3.2.3.2. MPICH2 1.4.1p1
3.2.4.  コンパイラ、MPI環境の切替え
3.2.5.  コンパイル・オプション(GNUコンパイラ)
3.2.6.  コンパイル方法(GNUコンパイラ)
3.2.6.1. 逐次プログラム
3.2.6.2. OpenMPプログラム
3.2.6.3. MPIプログラム(OpenMPI、MPICH2、IntelMPI)
3.2.7.  コンパイル時の注意点 (GNU コンパイラ)

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4. プログラムの実行方法

4.    プログラムの実行方法
4.1.   キュー
4.1.1.  キューの一覧
4.1.2.  キュー情報の確認方法
4.1.3.  利用可能なノード数の確認方法
4.2.   ジョブの実行方法(SLURMコマンド編)
4.2.1.  ジョブ投入コマンド(sbatch)
4.2.2.  ジョブ情報表示コマンド(squeue)
4.2.3.  ジョブのキャンセルマンド(scancel)
4.2.4.  ジョブステータス情報表示コマンド(sstat)
4.2.5.  実行ジョブ情報表示コマンド(sacct)
4.3.   ジョブの実行方法(fjコマンド編)
4.3.1.  ジョブ投入コマンド(fjsub)
4.3.2.  ジョブ情報表示コマンド(fjstat)
4.3.3.  ジョブのキャンセルコマンド(fjdel)
4.4.   ジョブ投入スクリプトの作成
4.4.1.  処理方法の指定
4.4.2.  sbatchオプション
4.4.3.  環境変数
4.4.4.  逐次ジョブを実行する場合
4.4.5.  スレッド並列ジョブを実行する場合
4.4.6.  MPIプログラム(openMPI)を実行する場合
4.4.7.  MPIプログラム(Intel MPI)を実行する場合
4.4.8.  MPIプログラム(mpich2)を実行する場合
4.5.   Xeon Phi コプロセッサの使用
4.6.   課金確認コマンド
4.6.1.  プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth
4.6.2.  利用者単位従量課金確認コマンド uacct
4.6.3.  利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl
4.6.4.  課金確認コマンドの情報反映タイミング
4.7.   実行ジョブ一覧の確認方法

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5. インターネット高速転送システムの使用方法

5.    インターネット高速転送システムの使用方法
5.1.   Skeed Silver Bullet の利用申請
5.2.   専用クライアント(SkeedSilverBullet GUI)の使用方法
5.2.1.  クライアントのインストール
5.2.2.  クライアントの環境設定
5.2.3.  クライアントの起動
5.2.4.  ファイルのアップロード
5.2.5.  ファイルのダウンロード
5.3.   Webブラウザベースの使用方法
5.3.1.  システムへのログイン
5.3.2.  ファイルのアップロード
5.3.3.  ファイルのダウンロード
5.3.4.  ファイルの削除
5.3.5.  Webブラウザーからの専用クライアント起動

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付録

付録A.FOCUSスパコンシステム各種サーバ・ストレージ概要
付録B.コマンド比較表(SLURMとLSF)
付録C.プログラムとジョブ投入スクリプトのサンプル

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PDF版 FOCUSスパコン利用の手引き

PDF版 FOCUSスパコン利用の手引き

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